La cripta (ambiente destinato a tomba dei santi e alla custodia di sacre reliquie) è scandita da nove navatelle longitudinali per due trasversali con le campate che hanno volta a crociera. Per la sua costruzione è stato utilizzato materiale di spoglio proveniente da edifici romani. L’abbazia sorgeva infatti vicino al pago di Interpromio distrutto da un terremoto el’urgenza di coprire la cripta, per mettervi subito in salvo le spoglie dei martiri, contribuiva al reimpiego di materiale preesistente. Fra quello qui riutilizzato distinguiamo i quattro capitelli corinzi della parte absidale e la colonna miliare in cui si vede l’iscrizione che ricorda Valentiniano, Valente e Graziano che fecero continuare i lavori di restauro della via Claudia, iniziati negli anni 360 – 63 dall’imperatore Giuliano (è quella che mostra, per lo scavo fatto intorno, come il pavimento sia stato elevato di una ventina di centimetri rispetto all’originario). E' una cripta presbiteriale rialzata (come quella di S. Vincenzo a Milano e S. Marco a Venezia), per andare al presbiterio della chiesa bisogna infatti salire quattro gradini. Vi si accede da due scale poste alle estremità delle navate laterali; G.B. Pacichelli nel 1695 la ricordava  colma “ di poco mondo terreno” cioè di cadaveri.
Dei tre altari che c’erano quando fu costruita, ne rimane uno solo al centro. Nella parte sinistra, dove corre uno stretto bancale, una parte di intonaco è dipinta ad ornati lineari in rosso e verde.
La presenza di due recinti absidali, separati da un’intercapedine, ha diviso gli studiosi che, attribuendo la priorità di esecuzione all’uno o all’altro settore, li hanno diversamente datati.
Tra quelli che sostengono che il recinto più antico sia quello interno vanno menzionati Gavini (datando la cripta al IX secolo pensa che gli ingrandimenti siano avvenuti sotto Leonate), Cecchelli – Trinci (il recinto più interno costituito da pietrame legato a malta come nelle altre parti della confessione, diversamente da quello esterno che è invece a blocchi presso a poco rettangolari come tutta la costruzione della chiesa sovrastante; la relativa altezza; la sproporzione tra larghezza e lunghezza; il tipo di volta poco pronunciato; il materiale informe non scelto e ben disposto come nella parte superiore sono tutti elementi che denunciano residui di arcaismo facendo quindi propendere per una datazione alla seconda metà del IX secolo) e più recentemente La Foresta (il muro più antico è quello interno; il muro più esterno fatto in periodo successivo a Leonate – per questo il Chronicon non ne parla -, presentava delle decorazioni in quanto era previsto un abbattimento, poi non avvenuto, del circuito interno). Abbracciano invece la tesi della priorità di esecuzione del recinto esterno Biolchi, Parenti che riprende la tesi di Biolchi (ritiene, fra l’altro, che non può essere spiegabile nella parete la presenza di cinque archetti ogivali se non con l’esecuzione anteriore di questa parte; crede inoltre che la cripta fu ristretta per l’umidità eccessiva), Fossi (l’ampio perimetro non rispecchia quello originale; ci fu un rifacimento alla fine dell’ XI secolo, successivamente altre modifiche portarono a un restringimento in epoca non precisabile), Carbonara (la cripta ridotta da tre a due campate presenta un ambiente così ampio da non trovare riscontro o giustificazione nel carattere e nelle dimensioni delle chiese costruite entro e fuori Abruzzo, anteriori alla metà dell’ XI secolo).